Le chiese valdesi sono organizzate secondo il sistema presbiteriano-sinodale, che in forme diverse é seguito dalla maggioranza delle chiese evangeliche.
Si dice presbiteriano perché a dirigere la vita della comunità non è un vescovo ma il corpo dei presbiteri (termine del Nuovo Testamento che si traduce con "anziano"); sinodale perché il sinodo è l’autorità in tutti i campi della vita della chiesa: dottrinale, disciplinare, amministrativo.

L'organizzazione é retta da assemblee. Ogni comunità ha la propria assemblea che elegge il consiglio degli anziani, in numero variabile a seconda della consistenza della chiesa locale. Alcuni di essi, detti pastori, hanno l’incarico della predicazione e dell’insegnamento ma alla predicazione collaborano anche predicatori laici e all’insegnamento catechisti. I pastori si possono sposare e accedono al ministerio pastorale anche le donne.

Le chiese di una regione hanno un'assemblea regionale, detta Circuito; questi a loro volta sono raggruppati in Distretti, la cui assemblea è prende il nome di Conferenza distrettuale. Infine al sinodo generale, costituito dai deputati delle singole chiese locali, dei Circuiti e dei Distretti, spetta il governo della chiesa. Nel sinodo i pastori non possono superare il 50% dei membri dell'assemblea.

Per dare esecuzione ai deliberati sinodali e provvedere all'amministrazione ordinaria della Chiesa viene eletta a conclusione dei lavori sinodali una commissione esecutiva detta, per antica tradizione, Tavola Valdese la quale è composta da sette membri ed é presieduta da un moderatore.
Ad evitare il pericolo di accentramento di poteri e di personalizzazione tutte le cariche sono a termine settennale.