Le origini della Chiesa Valdese risalgono al Movimento valdese che ha avuto inizio verso il 1174 a Lione, in Francia, dove Valdo, ricco mercante di quella città, ad un certo momento della sua vita decise di dare i suoi beni ai poveri, mettendosi a vivere in povertà e semplicità, secondo l’Evangelo. Quello che lo distinse da Francesco d’Assisi fu che egli non fondò un ordine monastico, ma continuò a vivere in mezzo alla gente da semplice laico, leggendo e predicando il contenuto di alcuni libri della Bibbia che egli si fece tradurre in lingua volgare. Il vescovo della città gli proibì di predicare, perché egli era laico, ma Valdo, disobbedendo, continuò a farlo. Questo fatto lo portò ad essere scomunicato con il nuovo movimento che era sorto dalla sua testimonianza, movimento che inizialmente prese il nome di "Poveri di Lione". Nonostante la scomunica e le persecuzioni, questo movimento si diffuse non solo in Francia, ma anche in tante altre parti d’Europa ed anche in Italia, specialmente in Lombardia, dove fu chiamato dei "Poveri Lombardi".

Un certo numero di Valdesi si stabilì in una zona delle Alpi Cozie, sia sul versante francese che su quello italiano, per difendersi dalle persecuzioni; e lì, specialmente nella zona italiana, che si trova in provincia di Torino, ad occidente di Pinerolo, governata allora dai Duchi di Savoia, i Valdesi poterono resistere per secoli a molti feroci assalti che miravano a sterminarli.
Al tempo della Riforma, esattamente nel 1532, i Valdesi decisero di aderire alla Riforma stessa e così da allora in poi si costituirono ed organizzarono come una Chiesa Riformata, facendo in questo modo parte della grande famiglia delle Chiese Evangeliche, dette anche Protestanti.
Finalmente nel 1848 il re Carlo Alberto di Piemonte riconobbe loro gli stessi diritti civili degli altri sudditi del suo regno. Da allora in poi si diffusero nel resto d’Italia che allora andava unificandosi sotto i Savoia.