La Chiesa valdese è organizzata secondo un sistema detto sinodale. Ogni Chiesa locale più volte l’anno ha le sue Assemblee, costituite da tutti i suoi membri, per esaminare tutte le cose che la concernono e deliberare in proposito. L’Assemblea locale elegge il Consiglio di Chiesa, che ha funzioni esecutive e risponde del suo operato all’Assemblea. I componenti di detto Consiglio sono eleggibili annualmente fino ad un massimo di 3 quinquenni. Dei Consigli di Chiesa fanno parte i pastori, ma senza esserne necessariamente i presidenti.
Le Chiese di una certa circoscrizione territoriale costituiscono un Circuito. Questo tiene almeno due volte l’anno le sue Assemblee, di cui fanno parte i rappresentanti, pastori e non pastori, delle chiese della medesima circoscrizione. L’Assemblea circuitale elegge il Consiglio di Circuito, che dura in carica un anno ed esegue le deliberazioni di tale Assemblea.

Sul piano territoriale più vasto ci sono i Distretti, che comprendono diversi Circuiti e tengono almeno annualmente la propria Conferenza (= Assemblea) Distrettuale, della quale fanno parte i delegati eletti dalle singole chiese locali e i pastori. La Commissione Esecutiva Distrettuale è l’organo eletto da questa Conferenza e ad essa risponde del suo operato.

Infine sul piano nazionale c’è il Sinodo (o Assemblea generale), che si riunisce annualmente a Torre Pellice (TO). Di esso fanno parte i deputati eletti dalle chiese locali, dei Circuiti e dei Distretti. Il numero dei pastori non può superare quello dei membri non pastori. Il Sinodo esamina tutte le materie che riguardano la fede e la vita delle Chiese valdesi sul piano generale e le sue delibere valgono per tutte le Chiese locali. Il Sinodo perciò è l’autorità terrena al di sopra della quale c’è solo quella del Signore, che si esprime nella sua Parola, che Egli ci fa intendere per mezzo del suo Spirito. Il Sinodo, quindi, è il superiore organo di governo della Chiesa, la quale non ha come capo terreno una sola persona, ma l’Assemblea sinodale.

Tra un Sinodo e l’altro l’organo esecutivo è la Tavola Valdese (= Comitato amministrativo centrale), composta da 7 membri, eletti annualmente dal Sinodo; essi durano in carica un anno e non possono essere rieletti per più di sette anni consecutivi. Il Moderatore non è il capo della Chiesa valdese, ma il presidente della Tavola, e assieme a questa risponde del suo operato al Sinodo.